Sub influenta ciclica a hormonilor steroidieni, cu fiecare luna tesutul endometrial ectopic creste si ulterior sangereaza la momentul producerii menstrei. Dar, in loc sa iasa fara prea mare deranj in afara organismului sub forma menstruatiei, ca tesutul endometrial aflat in cavitatea uterina, acesta ramane inchis in interiorul cavitatii peritoneale.

Rezultatul acestui fenomen este activarea cascadei factorilor de coagulare si activarea sistemului imunologic macrofago-monocitar care incearca sa indeparteze acest tesut nociv prin fagocitoza directa si eliberarea de citokine. Activitatea concentrata a factorilor de coagulare si a diferitelor tipuri de citokine duce la inflamatia cronica a tesutului peritoneal si a tuturor organelor din pelvis, cu producerea uneori de leziuni tisulare mai mari sau mai mici.

Cicatrizarea acestor leziuni precum si productia de factori fibrogenetici conduce, mai devreme sau mai tarziu, la formarea de aderente si de cicatrice. Aparitia acestora la nivelul diferitelor organe din pelvis are o influenta negativa asupra mai multor mecanisme care duc, in final, la alterarea procesului de fertilizare.

Astfel, aceste aderente pot fi atat de extinse si de solide, incat pot sa inghete literalmente pelvisul, reducand la zero motilitatea oricarui organ pelvian in raport unul cu celalalt. Aceste alterari ale motilitatii pot conduce la modificari substantiale ale rapoartelor normale dintre ovar si trompele uterine, impiedicand astfel posibilitatea captarii normale a ovulului de catre trompe. Alteori ovulul insusi poate sa ramana incastrat in aderentele ce pot exista in jurul ovarului, astfel incat el nu mai poate sa ajunga in pavilionul tubar.

Pe masura ce boala inainteaza, celulele endometriale ectopice vechi sunt supuse unui proces de degenerare, cu activarea imunologica consecutiva a sistemului macrofagic. Citokinele eliberate pot sa produca alterari atat ale motilitatii tubare in sine, cat si asupra motilitatii cililor sau fimbriilor trompei uterine, fenomene ce pot sa interfere cu captarea sau cu transportul gametilor in trompe.

Un ovar imobilizat in aderente este invariabil asociat cu functie tubara alterata. In mod normal, capatul dotat cu fimbrii al trompei uterine asigura un transfer ordonat a ovulului, datorita actiunii ciliare care impinge celulele lipicioase ce protejeaza in exterior ovulul, in interiorul trompei. Miscarea ciliara este importanta, dar este necesara si mobilitatea trompei. Contractiile necontrolate ale musculaturii tubare, ca si cele ale jonctiunii uterotubare, pot forma un sfincter sau un blocaj care fac imposibila intalnirea celor doi gameti, ovulul si spermatozoidul.

Aderentele pelvine dense, care rezulta din iritatia si inflamatia cronica, datorate endometriozei, pot oblitera (astupa, inchide) fundul de sac Douglas, pot distorsiona relatiile normale dintre ovare si trompe, pot obtura complet tubele uterine, in asa fel incat trompele devin pline cu lichid (hidrosalpinx) sau pot acoperi suprafata ovarelor, lucru care poate conduce la degenerare fibrotica. Studii recente au demonstrat o imbunatatire semnificativa a fertilitatii atunci cand s-au tratat chirurgical aceste tipuri de modificari (50% dupa interventie versus 10% anterior interventiei).

Tesutul normal care se afla in jurul implantelor endometriozice devine si el inflamat si sufera ulterior de lipsa de oxigen determinand fibrozarea sa.

Chisturile endometriozice ovariene mai mari au deseori un perete mai degraba gros, iar, unde capsula este subtiata, continutul ciocolatiu poate inchide la culoare peretele chistic pana la maro sau chiar negru. In timp, chisturile perforeaza in mod caracteristic atunci cand presiunea rezultata din sangerare devine prea mare. Coagularea sangelui extrudat sigileaza spartura din peretele chistic astfel incat sangele se acumuleaza iarasi in cavitatea chistului, pana cand are loc o noua perforare.

Aceasta descarcare de sange, precum si organizarea consecutiva a acestuia, duce la formarea de aderente intre ovar si peritoneul parietal, de obicei foita posterioara a ligamentului lat, si cu Douglas-ul.

Peritoneul, iritat de acest sange, devine hiperemic si ingrosat. Cand cavitatea peritoneala este vizualizata dupa o astfel de ruptura recenta, se gaseste in interior, in mod caracteristic, sange vechi sau material ciocolatiu care "balteste" liber in cavitate, de regula in cantitate mica, dar poate ajunge si pana la 100-200 ml.

In anumite cazuri, punctele de ruptura anterioara cedeaza, ducand la eliberarea de lichid gros maroniu-ciocolatiu. Fenomenele acestea se pot repeta de un numar impresionant de ori, avand drept rezultat final distrugerea tesutului ovarian sanatos, cu implicatii majore asupra desfasurarii normale a procesului de steroidogeneza, maturare foliculara si ovulatie.